Sejarah Program Pendidikan Sarjana Kesehatan Masyarakat dimulai dari Fakultas Kedokteran Unair, Bagian Ilmu Kesehatan Masyarakat. Program Pendidikan Sarjana Kesehatan Masyarakat (S1) dibuka pada tahun 1984, berdasarkan SK Dirjen Dikti Depdikbud RI No. 117/DIKTI/Kep/1984 tanggal 24 September 1984 dalam bentuk Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat FK Unair. Ketua Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat FK Unair yang pertama adalah Prof. Dr. Sabdoadi, M.PH (tahun 1984 s.d. 1994).
Pada awal berdirinya, pada tahun 1984, Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat (S1) hanya menerima mahasiswa dari lulusan D3 kesehatan (S0) yang linier dan telah bekerja minimal 2 tahun. Lulusan D3 yang dapat diterima berasal dari tiga akademi yang berada di bawah Departemen Kesehatan yaitu (1) Akademi Gizi, (2) Akademi Perawat, dan (3) Akademi Penilik Kesehatan / Akademi Kesehatan Lingkungan. Para mahasiswa tersebut dididik menjadi S.KM dalam jangka waktu 4 semester (2 tahun).
Pembukaan Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat (S1) saat itu dapat diizinkan dengan syarat harus menerima lulusan SMA. Pada tahun 1985, Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat (S1) FK Unair mulai menerima mahasiswa yang berasal dari SMA. Pada saat itu juga masih menerima mahasiswa lulusan D3 melalui seleksi khusus, yang merupakan kerjasama 5 FKM di Indonesia, yaitu FKM Universitas Sumatera Utara di Medan, FKM Universitas Indonesia di Jakarta, FKM Universitas Diponegoro di Semarang, FKM Universitas Airlangga di Surabaya, dan FKM Universitas Hasanuddin di Makasar.
Selanjutnya untuk meningkatkan daya tampung dan upaya peningkatan pendidikan, maka Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat menerima juga lulusan program D3 Higiene Perusahaan, Kesehatan Kerja dan Keselamatan Kerja serta akademi bidang kesehatan non linier (Akademi Anestesi, Akademi Kebidanana, Akademi Refraksionis/Optisian, Radiologi, Teknik Kesehatan Gigi, Fisioterapi dan Analisis Medis) dan memiliki sertifikat pra-program yang diselenggarakan FKM Unair yang saat ini dikenal dengan nama sertifikat matrikulasi (bridging program).
Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Airlangga secara resmi berdiri setelah diterbitkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 0372/O/1993 jo. No. 70539/A6.1/U/1993 tentang pembukaan Fakultas Kesehatan Masyarakat serta Fakultas Psikologi Universitas Airlangga. Pada tanggal 9 September 1995 gedung FKM diresmikan penggunaannya oleh Rektor Unair Prof. dr. H. Bambang Rahino Setokoesoemo dengan luas tanah 18.947.930 m2 dan luas bangunan 11.695.551 m2 (3 lantai) di Kampus C Mulyorejo Surabaya (sebelumnya menggunakan gedung Basic Natural Science [BNS] di lingkungan FK Unair Kampus A Jl. Mayjen Prof. Dr. Moestopo) dengan dekan pertama adalah Prof. Dr. Rika Subarniati Triyoga, S.KM., dr. Saat ini FKM mempunyai 7 Prodi yaitu Prodi D3 Hiperkes dan Keselamatan Kerja, Prodi S1 Ilmu Kesehatan Masyarakat (IKM), Prodi S2 Ilmu Kesehatan Masyarakat (IKM), Prodi S2 Administrasi Kebijakan Kesehatan (AKK), Prodi S2 Keselamatan dan Kesehatan Kerja (K3), Prodi S2 Kesehatan Lingkungan (KL) dan Prodi S3 Ilmu Kesehatan dengan jumlah tenaga pengajar 79 orang dan tenaga kependidikan 74 orang. Prodi S3 Ilmu Kesehatan berada dalam pengelolaan FKM berdasarkan SK Rektor Universitas Airlangga nomor 1947/H.3/KK/2011 tentang Penetapan Ruang Lingkup Program Studi dalam kategori Monodisiplin, Interdisiplin, dan Multidisiplin untuk pengelolaan program Magister dan Doktor terhitung mulai semester genap tahun ajaran 2011 atau sejak tanggal 24 Pebruari 2012.
FKM Unair merupakan organisasi pendidikan di bawah Universitas Airlangga yang pada tanggal 14 Mei 2014 dinyatakan resmi berstatus PTN BH berdasarkan PP nomor 30 tahun 2014 tentang Statuta Universitas Airlangga. Perubahan tersebut menuntut perubahan tata pamong yang diarahkan pada model korporat yang meliputi sistem, struktur organisasi dan mekanisme yang menjamin pengelolaan institusi secara transparan dan akuntabel. Pengelolaan Universitas Airlangga sebagai PTN BH diarahkan menuju good university governance dalam mencapai predikat sebagai perguruan tinggi terbaik 500 dunia pada tahun 2019 dan pengelolaan unit usaha akademik yang tergabung dalam holding university.
Terbitnya PP no. 30/2014 tentang Statuta Universitas Airlangga yang menyatakan bahwa Unair sebagai PTN BH, memberikan konsekuensi perubahan payung hukum yang lebih kuat karena merujuk pada Undang – Undang serta kemandirian dalam pengelolaan keuangan dan kepegawaian termasuk mengangkat pegawai dan memberi renumerasi. Meskipun demikian, di dalam UU No. 12 /2012 tentang Pendidikan tinggi telah diatur tentang pendanaan PTN BH yang diawasi oleh negara. Negara tidak boleh lepas tangan untuk memberikan pengawasan dan subsidi pendidikan. Perubahan status Universitas Airlangga dari BHMN menjadi PTN BH, tidak menuntut perubahan struktur organisasi di lingkungan Universitas Airlangga. Pada tingkat fakultas, pimpinan fakultas terdiri atas dekan yang bertanggung jawab terhadap pelaksanaan tridharma perguruan tinggi dan aktivitas yang mendukung maupun menunjang kegiatan tersebut. Dekan dibantu oleh Wakil Dekan 1 yang bertanggung jawab terhadap bidang akademik dan kemahasiswaan, Wakil Dekan 2 yang bertanggung jawab terhadap bidang Sumber Daya dan Sistem Informasi, serta Wakil Dekan 3 yang bertanggung jawab pada bidang Penelitian, Pengabdian Masyarakat, Publikasi dan Kerjasama. Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Airlangga telah berkiprah selama 27 tahun dalam pendidikan bangsa khususnya pendidikan kesehatan masyarakat, sesuai dengan harapan dan tantangan yang dihadapi. FKM Universitas Airlangga akan terus dikembangkan berdasarkan perencanaan strategis yang lebih visioner dan berkelanjutan.